ダウンロードページより、ファイルをダウンロードします。
新規インストールする場合

・zipファイルの中身を
MikuMikuDance.exeが存在するフォルダ内に解凍します。

・そこに
pluginフォルダを作成します。 (導入後はそこにプラグインを入れて行く)

・MikuMikuDanceを起動した時に
MMDPluginの項目が表示されていれば導入成功です。
既存環境にインストールする場合の注意
既存の環境にMMDPluginを導入した際にMMEffect等の既に導入済みプラグインが一時的に利用できなくなる場合があります。 念のためにバックアップを推奨します。

上の図のようなファイル構成になるよう、既にインストールしているプラグインを「
新規インストールする場合」で作成した
pluginフォルダに移動させてください。
※pluginフォルダ内にはフォルダを作成してdllを入れても読み込まれます。
MikuMikuDance起動時に、MMEのメニューが表示されればOKです。
一部のプラグインでは共存不可能な場合もあります。ご注意ください。
以上、MMDPluginの導入方法でした。
MMDPluginの仕様書の方にも導入方法等は記載されています。